肿瘤治疗中心为南京军区肿瘤专科中心、厦门市消化系肿瘤介入诊疗规划重点专科、以色列氩氦刀冷冻治疗（厦门）中心的主体科室。中心组建于1996年，是厦门市最早成立的肿瘤治疗专科。经过近20年的发展，在六代学科带头人的不懈努力下，致力于打造“面向国际、省内领先”的规范化特色专科，从无到有，从小到大，实现了又好又快的发展，2005年被军区授予南京军区肿瘤专病中心、2011年升格为肿瘤专科中心，2010年被厦门市卫生局授予厦门市消化系肿瘤介入诊疗规划重点专科。现中心已成为集医疗、教学、科研于一体的大型肿瘤综合治疗机构，共有三个病区，展开床位110张，年收治病人4000余人次，以扎实先进的业务水平、规范的医疗操作、温馨的人文服务得到广大患者好评，在海峡西岸享有良好的声誉。中心技术力量雄厚，拥有一批包括高级职称5人、中级职称8人，博士3人、硕士14人等高造诣专业人才，临床实践经验丰富，人才梯队结构合理，其中多人在国内外肿瘤专业学术组织任副主委或委员。中心的人才引进以综合治疗为方向、以肿瘤内科为基础，形成一个包括肿瘤化疗、外科、放疗、微创介入、中医中药、细胞免疫及病理等多种专业人才的“大家庭”，并让中心的每项治疗手段都有“领头人”。中心自成立以来，一直专注于技术力量和科学研究的发展，特聘在国际肿瘤医学界享有崇高声誉的秦叔逵教授任中心的专家顾问，加强对学科建设的宏观指导，实现了科室飞跃式的发展和技术上的持续领先。现代医学发展日新月异，医生技术的提升及高端仪器设备的引进，为更早、更精确地诊治肿瘤患者提供了有力保障。中心现拥有图像引导放疗机、高能直线加速器、CT和数字化模拟定位机、氦氖激光治疗仪、体外高频热疗机、体腔热灌注治疗仪、射频消融治疗仪、以色列Cryo-Hittm氩氦刀治疗系统、放射性粒子植入系统、支气管内窥镜、生物实验室等高端设备，其中不少是厦门市乃至福建省最先进的，拓展了肿瘤内科由单一的“药物治疗”向多手段联合的“综合治疗”模式发展，为实现肿瘤诊疗的个体化奠定了坚实的基础。