本科室目前是中医院主要学科之一，率先在温州市开展排粪造影，结肠运输试验，肛门直肠生理功能检测等多项诊疗项目，内外并治，综合治疗各种肛肠疾病。目前诊疗的病种主要包括各种痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、直肠息肉、肛门皮肤病、大肠炎症性疾病、便秘、结肠癌、直肠癌、直肠粘膜脱垂等，并注重无痛技术在肛肠病围手术期的应用，HCPT技术，PPH痔环切术，内痔硬化注射术，便秘的诊断及综合治疗，并与内窥镜室合作，开展大肠肿瘤的早期诊断和治疗等。