新生儿外科于1985年正式成立。现有教授1人，副教授2人，住院医生1人，收治患儿的年龄在出生至生后6个月以内。病种包括各种新生儿及小婴幼儿期发现及发病的各种先天畸形，肿瘤，急症，感染，外伤，骨折等。先天畸形主要为先天性食管闭锁、肛门直肠畸形、肥厚性幽门狭窄、肠闭锁、先天性巨结肠、肠旋转不良、环状胰腺、腹裂、脐膨出、肠重复畸形、胸腹裂孔疝、脊膜膨出等及胸腹腔、体表肿瘤如畸胎瘤、血管瘤等。目前治疗水平已达国内领先，国际先进水平。本科室还承担新生儿外科的教学及科研工作，是博士、硕士培养科室。承担多项国家自然科学基金及省重点学科建设课题研究。