1980年时仅开设了小儿胸外科，是省内唯一开展儿童胸外科疾病的专业科室。主要收治急、慢性脓胸，先天性食道狭窄、闭锁，先天性食道裂孔疝，先天性膈疝、先天性肺囊肿、肺肿瘤等胸科疾病，年均收治近百例病人。1992年，医院选派业务骨干赴牡丹江心血管病医院进修学习，并于1993年正式成立了心胸外科。2002年我院与韩国首尔大学儿童医院开展心外技术交流与合作以来，韩国专家定期来院，与我院专家共同会诊，同台为复杂型先心病患儿实施手术治疗，大大提高了手术的成功率和心外科的整体诊治水平。1999年、2002年、2003年医院又先后分批选送医护人员赴韩国首尔大学、延世大学及世宗病院研修学习心外手术、超声、麻醉、体外循环及术后监护等先进技术，进一步增强了心外团队的技术实力。