呼吸科附设呼吸重症监护室（RICU），电子支气管镜室，呼吸实验室和睡眠实验室。为省级医学重点扶植学科。1983年在浙南地区率先开展纤维支气管镜检查，2001年添置了先进的电子支气管镜，目前发展到年检查1500余人次。1999年开展呼吸介入技术，如恶性气管狭窄的气管支气管支架置入术、经支气管镜的球囊扩张术、经支气管针吸活检术（TBNA），CT引导下肺穿刺术，经支气管肺活检术和肺泡灌洗术诊断弥漫性肺疾病。2004年开始气管腔内病变的高频电切治疗和氩气刀治疗，2006年开始开展内科可弯曲胸腔镜检查，2007年开展超声引导下的TBNA术，以及硬质支气管镜检查和治疗术。即将开展荧光支气管镜检查可及早检出早期肺癌。1999年建立呼吸监护病房，目前已经发展成10张床位的呼吸重症监护室，配备先进的呼吸监测设备及有创和无创呼吸机，对免疫抑制病人合并急性呼吸衰竭，慢性阻塞性肺疾病，重症哮喘，大面积肺栓塞的救治起了极大的作用。1996年在省内较早引进睡眠多导图诊断睡眠呼吸障碍性疾病，至今已发展为浙南地区最大的睡眠呼吸障碍诊治中心。获取专利一项，开展颏下神经刺激治疗OSAS。目前科室对肺病疾病的诊断和治疗，尤其是COPD肺动脉高压的诊断和治疗；气道腔内病变的诊断，良恶性气道狭窄的支气管镜介入（缓解症状，提高生活质量，争取治疗机会）达省内先进水平。在为重病人的救治、肺栓塞的诊断和治疗，具有较高的水平。