传染科是我院传统特色专科之一。1954年医院更名为康复医院时，即负责传染病和结核病的治疗。1962年建立传染科，开设病床70张，1989年新建4250平方米的传染科大楼落成后，传染科一分为三，设立了传二、传三和儿传病区，分别收治普通传染病、结核病和儿童传染病。各病区负责人分别为叶世金、何俊成(兼)、李安碧。1993年内江市卫生局批准成立内江市传染病防治中心，内江市卫生局要求传染病归口管理，撤消市内各医院的传染科，传染病人全部转诊到内江市第二人民医院。2000年经省卫生厅批准设立内江市传染病防治中心。中心成立后承担了非典、禽流感、人感染猪链球菌病等传染病的救治工作，2004年国债投资1780万元，按卫生部要求修建传染病医院，2006年竣工，面积8000平方米。科室现有床位50张，医护人员17人，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师1名，副主任护师1名，主管护师1名，护师2名，护士6名。历任负责人有马质刚、胥怀卜、宋新民、何俊成、李安碧、苏尊玮，夏刚，护士长陈应美、王秀惠、刘昌群、叶广群、胡惠芳、宋正容、蔡克卿、卓贤静、李燕。 早在90年代我院传染科就率先在市内使用胰高血糖素、前列腺素E、促肝细胞生长素等药物治疗重症肝炎，近年来又采用鸟氨酸门冬氨酸治疗，进一步降低了重症肝炎的死亡率。强化极化液治疗病毒性肝炎高胆红素症的临床应用，促进病人消化道症状改善，有利于黄疸的下降。华蟾素和乙肝疫苗在乙肝病毒携带者中的应用、《软肝散》治疗肝炎后肝硬化，β阻滞剂治疗慢性心衰、乙肝免疫球蛋白阻母婴垂直传播的临床应用等6项。近年来科室开展了对慢性乙型肝炎和丙型肝炎病人的抗病毒治疗病人的抗病毒治疗，近期疗效达到40%以上，使部分病情长期反复发作的病人症状消除，肝功情况保持良好状态。对有条件的慢性病毒性肝炎病人在抗病毒基础上，还采取抗肝纤维化的治疗。2009年初，医院为了进一步加强感染科建设，增加医疗技术含量，为更多的患者提供更好的医疗服务，专门为肝硬化顽固大量腹水的患者引进了WLFHY-500型伟力电脑腹水超滤浓缩回输系统。随即开始开展肝硬化顽固大量腹水的腹水浓缩回输治疗，取得了良好的效果并逐渐向全院推广。此外科室开展TAT椎管内注射配合气管切开治疗重症破伤风病人，大大降低了重症破伤风病人的死亡率。