遗传、生殖科是我院重点发展科室，承担怀化市全市的产前筛查、产前诊断、遗传咨询、新生儿科筛查、各类男女性不孕不育的诊断和治疗工作，设有产前筛查、产前诊断、遗传咨询、新生儿疾病筛查、女性不孕门诊、男科门诊、男科实验室、内分泌实验室等，开展产前筛查、男性性功能障碍、男性少精弱精症、男女性生殖道感染、女性内分泌失调、排卵障碍、免疫性不孕、子宫内膜异位症治疗以及丈夫精液人工受精等系列的男女不孕症诊治。是唯一的一家国家认定的市级产前诊断和新生儿疾病筛查中心。