胃肠外科是目前鲁西南地区唯一的一所胃肠外专业科室。目前胃肠外科技术力量雄厚、人员搭配合理，是附属医院一支充满生机活力、蒸蒸日上的新生力量。目前科室有教授、主任医师2人；副教授、副主任医师4人；主治医师2人；住院医师6人；每年承担济宁医学院外科教学100余学时理论课及临床教学。2009年被山东省卫生厅评为全省卫生系统两好一满意示范集体。