安徽省立儿童医院小儿泌尿外科是全省唯一的专门诊疗小儿泌尿外科疾病的专科，对先天性肾.输尿管.膀胱.尿道畸形.男性生殖系统畸形的手术及小儿尿结石的治疗效果良好，特别对于先天性肾积水，肾盂输尿管连接处梗阻，尿道下裂，隐睾等疾病治疗已达到了国内的先进水平，并有其独到之处。对于小儿泌尿系统肿瘤，如肾肿瘤.肾上腺肿瘤，盆腔横纹肌肉瘤，睾丸肿瘤的治疗，亦取得较好的疗效。该科拥有德国产STORZ(斯到斯)小儿膀胱尿道镜.小儿尿道切开镜，并配有成像系统，它成为我省的小儿泌尿外科专业提供了先进的诊疗手段。