南京市妇幼保健院中医科是医院一级科室，是南京市卫生局中医重点专科建设单位。该科以中医及中西医结合的方法诊治妇产科常见病及疑难病，尤其在高泌乳素血症、多囊卵巢综合症、卵巢早衰、青春期及更年期功能性子宫出血、盆腔炎、复发性流产、妊娠呕吐、白塞氏综合症、妊娠肝内胆汁淤积等治疗上独具特色。目前该科致力于妇科内分泌及母胎免疫、慢性盆腔炎症的研究工作，并配合中药灌肠、针灸等多种中医综合治疗方法，自行研制开发了10余种中药制剂，广泛应用于临床，疗效显著，其中西医结合诊治水平居省内领先水平。坚持开展科研工作，近年来分获江苏省科技进步二等奖、江苏省科技进步三等奖各1项。