呼吸科长期从事呼吸系统疾病临床、科研和教学任务，在实践中不断进步，不断创新。在多种呼吸系统疾病的诊治中都创立了自己的特色，如慢性气道疾病（支气管哮喘，慢性阻塞性肺疾病），肺部肿瘤，呼吸重症监护和治疗，睡眠呼吸障碍疾病的诊治，肺间质疾病，肺结核及其他肺部及胸腔疾病等。拥有固定病床88张，独立的门急诊以及建立了五个相关的诊疗中心，使相应的临床和科学研究得到进一步提高。 1、疑难胸腔疾病联合会诊中心：已有30多年历史的中心每周三上午进行活动，由胸外科，放射科及呼吸科的专家将有关病情资料，特别是影像资料进行分析、讨论，得出诊断和治疗意见，使疑难病患者及时得到合理的诊治。上海乃至周边地区的数千名患者受益。 2、胸腔疾病介入诊疗室：始建于上世纪80年代的纤维支气管镜室和在国内较早开始的激光治疗支气管内病变是介入诊疗中心的雏形，通过近年的发展和完善，不断开展诊断和介入治疗新项目。 3、睡眠呼吸障碍疾病诊疗中心：从自行设计仪器对睡眠呼吸暂停的诊治到2001年睡眠中心的扩建，已诊治患者近5000例次，目前中心拥有国际领先的睡眠呼吸检测和治疗设备。并设立相关网站（睡易网）和专病门诊进一步为患者服务。 4、呼吸重症监护室（RICU）：始建于1993年，是国内最早建立RICU的医疗机构之一，拥有病床12张。应用有创、无创通气治疗抢救大量的ARDS、COPD、重症支气管哮喘和重叠综合征等各类急慢性呼吸衰竭，诊治水平达国内领先，为我国急救医学的发展作出了贡献。 5、慢性气道疾病诊治和免疫诊疗中心：慢性气道疾病是呼吸科常见的病种，是我科长期进行临床和基础研究的重要疾病，在其发病学，诊疗学方面积累了丰富的经验。为了将科学研究的成果尽快用于临床，2004年建立了慢性气道疾病诊治和免疫治疗中心，使广大患者得到更好的治疗，提高生存率和生活质量。 6、呼吸科研究实验室：新设立的呼吸科研究实验室配备有EcroScreen 呼出气冷凝水收集器、动物肺功能仪、Real-time PCR仪、荧光显微镜、细胞涂片机等先进的机器。实力雄厚的研究团队具有国内一流的科研水平。将对慢性阻塞性肺病、支气管哮喘，、肺癌、感染、抗生素耐药问题以及睡眠呼吸暂时停低通气综合征等进行深入研究。拥有近百张床位的新病房大楼已建成并投入使用，各个中心的规模相应扩大，各项设备和措施也日臻完善，医疗、科研和教学水平将会有更大的提高。