1998年，在北京市重点学科专项资助下，北京肿瘤医院组建乳腺疾病防治中心。2004年结构调整后，更名为乳腺癌预防治疗中心，是北京肿瘤医院第一个强调单病种诊疗功能，而非治疗手段构建的与肿瘤内科、肿瘤外科、放射治疗科平行的一级临床科室。乳腺癌预防治疗中心的任务是：依据循证医学原则，依据国际上相关领域内最新研究成果，更新观念、方法和技术手段，为就医者提供一流的规范化、专业化、人性化医疗服务，保障乳腺癌治疗的总体疗效。目前由病区、门诊和临床实验室三部分组成，现有医护人员39人，医技人员3人。功能涵盖乳腺癌筛查、影像学引导的乳腺病变介入诊断、原发性乳腺癌外科治疗、成型、原发性乳腺癌术前与术后辅助化学与内分泌治疗治疗、治疗后的定期复查、复发性乳腺癌治疗和相关临床与基础研究。乳腺癌预防治疗中心病区现有床位60张，以收治新诊断的原发性乳腺癌病例为主，完成必须住院进行的诊疗项目。门诊由专家门诊、专业门诊、介入诊断和日间病房组成。2007年乳腺癌预防治疗中心接诊2万人次，其中首诊4000人，治疗新诊断原发性乳腺癌680余例。近年来乳腺癌预防治疗中心治疗了北京市约25%的原发性乳腺癌患者，住院治疗费用低于北京市三家医院的平均水平。乳腺癌预防治疗中心处于国内领先的优势诊疗项目为：影像引导的乳腺病变介入诊断、前哨淋巴结活检、新辅助化疗与内分泌治疗、保留乳房治疗、Ⅰ期乳房成型。乳腺癌预防治疗中心首任主任为林本耀教授，游伟程院长兼任第二任主任，欧阳涛主任医师为现任负责人(乳腺癌预防治疗中心副主任)