针灸科是上海市公立医院中最早成立的科室之一，由黄羡明、司徒汉荪于1956年创建。在60年代，科室与五官科、麻醉科密切配合，完成了世界上首例针麻手术，造成了广泛的影响。目前，科室逐步形成了针灸治疗脊椎源性疾病(如颈椎病、腰椎间盘突出症等)、退行性病变(如膝骨关节炎等）、神经系统疾病(如周围性面瘫、中风后遗症等)、代谢性疾病(如单纯性肥胖病等)以及内科疑难病症（如失眠、肠道易激综合征等)等优势专病专科。