感染科病区位于金山院区，主要收治除病毒性肝炎、HIV感染、传染性肺结核之外的各种经典传染性疾病（麻疹、水痘、流行性腮腺炎,狂犬病, 肾综合症出血热,疟疾、登革热、感染性腹泻,伤寒、霍乱、细菌性痢疾,布鲁氏菌病、猩红热等）, 擅长各类中枢神经系统感染(结核，细菌，真菌，病毒，梅毒等）的诊疗,发热待查及各种寄生虫感染, 原发免疫缺陷病的基因诊断及治疗等。同时，科室也承担着一些新发突发传染性疾病的诊治工作。感染科注重医、教、研紧密结合，在中枢神经系统感染疾病诊治方面，潜心研究，形成了一套科学严谨的诊断思路和个体化治疗方案，成功救治多例合并脑疝及呼吸衰竭患者。通过早期的康复干预措施，专业的治疗、护理，显著降低了中枢神经系统感染疾病的致死致残率，形成了科室的特色品牌。科室承担着复旦大学医学院、同济大学医学院、南京医科大学等本科教学任务，也承担着上海市多家综合性医院内科基地住院医师感染科规培任务，承担着上海市全科医师和公卫医生规范化培训以及全国进修班的临床教学工作。