神经内科是西部地区最早的一级学科博士学位授位点，1995年设博士后流动站。1990年11月由四川省教委批准成立神经病学研究所，1991年由傅雅各教授任所长，1996年董为伟教授任所长。1996年被批准成为四川教委重点学科；1997年由国家食品药品监督管理局批准设立神经病学国家药品临床研究基地。1999年成为首批重庆市医学重点学科，并相继建成重庆市医学重点实验室、重庆市高校重点实验室和重庆市省部级神经生物学重点实验室，2007年成为我国西部地区唯一的教育部神经病学国家重点学科，全国仅6家；2009年获批重庆市神经内科医疗质量控制中心；2010年底被批准为卫生部“脑卒中筛查及防治基地”。2012年获批国家卫健委国家临床重点专科建设项目；2014年通过国家卫健委脑损伤质控评价中心验收，成为重庆市首批国家脑死亡判定质控合格单位。2018年获批重庆市脑损伤评估质量控制中心。2019年获批国家卫健委功能性脑疾病诊治重点实验室。2021年获批重大神经精神疾病重庆市重点实验室。学科现为中国医师协会神经内科医师分会会长、国家继续教育委员会委员、神经内科继续教育名誉主任委员、中国医师协会常务理事及重庆市神经内科专科联盟理事长单位；曾为国务院（临床医学）学科评审委员会、教育部高等学校教学指导委员会委员及第一届神经内科继续教育主任委员单位。重医附一院院本部科室现有开放床位207张，设置国内一流的神经重症监护室床位20张；第一分院新院区设置床位40张。埠外病人范围涵盖全国20多个省市自治区。学科临床亚专科设置齐全，其脑血管病、癫痫、感染及神经免疫、神经心理及神经肌肉疾病等亚专科在国内处于领先地位。疑难危重症诊治能力居国内前列，连续多年获复旦专科声誉排行榜提名。专科血管内介入治疗、动静脉溶栓、无创脑水肿检测、神经电生理检测、重症监护、肌肉活检等特色医疗技术国内一流。神经内科造就和培养了一大批神经病学领域的医疗、教学、科研高端人才，形成了具有雄厚实力的学术队伍。学科带头人和中青年学术骨干在全国学术团体中占有重要席位，包括教育部学位评定委员会委员、全国医师定期考核神经内科专业编辑委员会主任委员、原中华医学会神经病学分会副主任委员、中国医师协会神经内科医师分会会长、中华医学会神经病学分会癫痫与脑电图学组副组长、中华医学会神经病学分会神经免疫学组、运动障碍学组、痴呆学组委员，中国医师协会神经内科医师分会脑血管疾病、癫痫、疼痛与感觉专委会副主任委员，中华医学会青年委员、重庆市医学会心身与行为医学分会主任委员等重要学术任职。科室建成以973首席科学家领衔的国家级高层次人才队伍。牵头开展国家重大（点）项目7项，成果发表《新英格兰医学杂志》及《柳叶刀》等顶级医学期刊，改写了国际国内相关诊疗指南。获国家科技进步二等奖、三等奖各2项。科技量值居中国医院科技影响力排行前十。