广州市中医医院消化内科是广东省重点中医专病。吕永慧主任中医师主持的溃疡性结肠炎专病，被列为广东省重点中医专病、广州市九五杏林工程重点专病验收单位、广州市１３５７工程达标单位以及广州市先进中医专病医疗单位。吕永慧主任研制的纯中药肠炎清系列制剂，结合辨证治疗已知未知原因的结肠炎，尤其溃疡性结肠炎等炎症性肠炎效果显著，社会效益良好，国内领先，享有声誉。1995年立项的广东省科委九五重点攻关项目肠炎清治疗溃疡性结肠炎的临床研究于2000年3月通过广东省科委鉴定，达到国内先进水平，于2004年获中华中医药学会科学技术三等奖。 消化内科以中医为主，中西医相结合治疗急、危、重症如急性胰腺炎、急性消化道大出血、急性肝胆道感染、肝硬化顽固性腹水、急性腹膜炎、肠梗阻等，效果良好。对各种消化道慢性疾病（食道炎、消化不良、慢性胃炎、消化性溃疡、肝炎肝硬化、胆囊炎胆石症、胃肠道功能紊乱等）治疗亦有良好疗效。 该科开展胃、十二指肠镜、结肠镜下诊治、胃肠电图检查、中药经结肠途径疗法、腹水超滤浓缩机，开展内镜下介入治疗（食管静脉曲张套扎术、硬化剂注射术、胃肠道息肉切除术、胆道结石取石术等），效果良好。 消化科现有病床25张，硕士生导师、主任中医师1人，副主任中医师2人，主治医师1人、主治中医师3人，其中硕士研究生3人。