胃肠外科是以腹腔镜、达芬奇机器人胃癌和结直肠癌微创外科技术为特色，坚持以“组建研究型科室,临床与基础研究齐头并进”为科室的发展方向。是国家临床重点专科和广东省临床重点专科重要分支科室。中国医师协会结直肠肿瘤专业委员会并发症管理委员会、广东省医师协会结直肠外科医师分会、广东省医疗行业协会结直肠肛门外科管理分会主任委员单位。中山大学博士学位、硕士学位培养点、博士后流动站。在国内、外具有广泛的学术影响。科室现有主任医师3名，副主任医师6名，主治医师5名，住院医师4名。科室南北院区现有开放床位共67张，每年住院患者人数三千余例，每年手术量近两千例，其中3～4级手术比例超80%，科室主任韩方海教授。临床方面，致力于胃肠肿瘤规范化和个体化精准治疗。拥有达芬奇机器人手术平台，3D腹腔镜手术平台。国内较早基于“膜解剖”和“亚微外科”理论下的腔镜结直肠癌根治手术，牵头成立“华南地区膜解剖手术联盟”。在结直肠外科领域，常规开展达芬奇机器人和腹腔镜网络性全程保留排尿和性神经的直肠癌根治手术；超低位直肠癌保肛、保功能手术；保留盆腔自主神经的侧方淋巴结清扫术；标本经自然通道取出的结直肠癌根治术（NOSES）；腔镜下直肠癌联合脏器切除；结直肠癌肝转移联合肝脏切除术等。胃癌外科领域，常规开展各类型达芬奇和腹腔镜胃癌根治并腔内重建术式；胸腔镜联合腹腔镜食管胃交界部癌根治术；胃癌并保留脾脏的脾门淋巴结清扫，胃癌联合胰腺体尾部脾脏切除术，腹主动脉旁淋巴结清扫（胃癌D4手术）等。在国内较早，省内率先开展腹腔镜下保功能的近端胃切除手术，保留幽门的胃切除手术，腹腔镜和内镜联合胃肿瘤切除手术等高难度术式。在国内外处于技术领先水平。近5年来，参与制定全国性的指南和共识11部，主编译著共4本，承担6项国家自然科学基金课题，发表SCI论文共20余篇。牵头或参与国际，国内多中心临床研究项目。自2016年开始，科室每年主办一次全国性的学术会议——“岭南胃肠肿瘤高峰论坛”已形成品牌特色，定期举办“博济胃肠肿瘤高级学习班”。与日本及欧洲多家医疗机构胃肠外科建立良好的交流合作关系。以研究型临床肿瘤医学人才培养为核心发展理念，在承担中山大学本科生、八年制和留学生教学同时，还负责规培医师、硕博士生、进修医师的规范化临床培训工作，为华南地区乃至全国培养了大批的胃肠外科领域的优秀人才。