南方医科大学（原第一军医大学）内科消化学组始建于50年代，1978年正式设立消化专科。在学科奠基人周殿元教授大力倡导和带领下，1955年国内率先引进硬式胃镜，1973年率先开展纤维结肠镜检查。1979年被批准为硕士学位授权点，1986年成为第一军医大学第一个博士学位授权点。1995年经中央军委批准成立全军消化内科研究所。2001年成为国家教育部首批全国重点学科。2010年被评为国家首批临床重点专科。2014年由广东省编制办批准设立南方消化病研究所。2015年入选广东省高水平大学重点建设学科。同时，作为国家药品临床研究基地专业科室、广东省“五个一科教兴医工程”重点专科、广东省首批重点专科、广东省胃肠疾病重点实验室、广东省胃肠疾病生物医学工程技术研究中心、广州市胃肠道早期肿瘤临床医学研究与转化中心，消化学科已成为院校“重中之重”发展学科。