蒙古医学院附属医院胸心外科专业始建于1960年，是我区成立胸心外科专业最早的单位。2005年，胸心外科分为独立的胸外科和心外科专业及病房。胸外科专门从事普胸疾病的诊治。经过多年的发展，胸外科的科研和临床技术水平已处于国内先进水平，是内蒙古自治区医疗卫生领先学科。胸外科还承担着内蒙古医学院的硕士研究生、医学生的教学和临床技能培训，是硕士研究生学位授予点。胸外科拥有环境优雅、设施现代化的病房，设固定床位44张，4张专科重症监护病床；有三个独立的医疗小组，担负着全区胸部常见病、多发病、疑难和急危重症的诊治和抢救，年住院1200余人次，年完成普胸手术500余例，是自治区内年治疗人数、年完成手术例数最多的胸外科。开展多项国内先进的新技术、新业务和高难手术，是卫生部确定的自治区内唯一的可以实施肺移植临床基地。