心胸外科是国内最早成立心胸外科专科的单位之一，也是最早开展心血管外科手术的单位之一，现为南京军区心血管病外科研究所，南京大学医学院，第二军医大学硕士、博士点，博士后流动站成员单位。科室现有病闲52张，重症监护病床12张，年手术量近900台次。科室技术力量雄厚，扔有中、高级职称医务人员15人，其中80%以上具有硕士或博士学位。拥有各种先进医疗仪器及设备，总价值约1500万元。 该科室近10年发展迅速，1994年成功进行了全军及江苏省首例同种异体原位心脏移植，患者术后长年存活。1996年首次心脏手术超过300例，近年心脏手术稳定在每年400余例次，历年累计心脏手术超过3500例，年手术例次、手术种类及难度均居江办省首位，达到国内综合性医院心胸外科手术先进水平。科室的宗旨是用最新的理论、最先进的技术、最优的服务态度和最低的费用为胸心血管疾病的患者服务。 心脏瓣膜外科是该科室的特色，自80年代就开始心脏瓣膜置换术，现每年心脏瓣膜置换手术150-200例次，其中重症心脏瓣膜、多瓣膜置换及急症心脏瓣膜置换手术占有1/3，不断改进手术技术及方法，提高手术疗效，手术治愈率达97%以上，达到国内及国际先进水平。该科室近年来对巨大左心室、心脏瓣膜病合并心内膜炎、心脏瓣膜合并心功能不全及多器官功能不全的手术综合性治疗获得突破，使从多过去认为无法手术及治疗的患者重新获得生机，在社会上引起了极大的反响。 终末期心肌病的手术治疗是该科的重点之一，1994年就成功地为一名终末期限心肌的患者进行了同种原位心脏移植，术后长期存活。近年又成功的为扩张性心肌病的患者实施了目前国际上开展的左室减容术（BATISTA手术），现已完成10例，经术后近、远期随访，术后心功能及生活质量均明显改善，这是目前国内仅在少数单位开展的高难项目之一。 大血管外科是一种高风险的手术，该科在主动脉瘤手术体外循环转流，深低温停循环脑保护、脊髓保护的方法及大血管外科技术具有独特之外，对急症升主动脉瘤、夹层动脉瘤、马凡氏综合症、全主动脉弓置换及降主动脉瘤的手术治疗取得了良好的效果，累积手术例数已达60余例，手术例数居江苏省首位，手术疗效达到国内先进水平。 先天性心脏病的手术治疗是该科室的传统优势项目，近年对室间隔缺损合并严重肺动脉高压采用室间隔单向活瓣补片的方法修补，降低了手术的风险性。 该科对重症肌无力的围术期处理积累了一套完整的治疗经验，手术治疗的有效率达90%。长年来除了重视胸部肿瘤采用以手术为主的综合治疗之外，对普胸手术的方法有了大胆的创新，对纵隔肿瘤侵犯上腔静脉、无名静脉采用同期肿瘤切除及血管旁路或人造血管移植等方法手术治疗。