南医大二附院消化医学中心是全国消化内镜培训基地、江苏省临床重点专科、南京医科大学十一五重点科室、南京医科大学消化内镜研究所所在地。该中心下设消化内镜中心、消化内科、微创外科、南京医科大学消化内镜研究所，共有床位80张，医护人员 48 人，其中主任医师 5人，副主任医师 7人，主治医师 3 人，博士9人，硕士12 人。目前承担国家自然科学课题6项，部省、厅级课题12项，获国家专利4项，获省、厅级科技进步奖10余项。近五年来该中心在省级以上刊物发表论文70余篇。2003～2006年，中心成功举办了《全国消化病微创外科新进展》等数期全国性的学术研讨会。