神经外科是南京市医学重点专科，编制床位38张，现有医护人员41人，其中主任医师4人，副主任医师5人，主治医师5人，住院医师1人。年收治住院病人1500余人，手术1000余台，并担任南京大学医学院、南京医科大学、南京中医药大学的教学工作。特色医疗： 1、三叉神经痛、面肌痉挛、痉挛性斜颈的微创手术治疗。为该科室最具特色的工作之一，年手术治疗病人200余例，已完成手术近1300多台。手术疗效及并发症的预防均属国内领先水平。 2、枕大孔畸形及椎管内肿瘤的手术治疗。特别是在Chiar’s畸形、脊髓空洞症、椎管内肿瘤、脊髓栓系综合症等方面的临床、基础研究均有较高水平。年手术病人近100人次。 3、脑血管病的介入治疗。神经外科下设血管介入中心，在颅内动脉瘤、血管畸形和缺血性脑血管病的治疗方面处于省内领先水平。 4、垂体瘤的微创手术治疗。该手术通过单鼻孔在显微镜和神经内镜下完成手术，使手术安全性明显提高。