呼吸内科创建于1954年，1994年成立了南京呼吸病研究所，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、江苏省135工程医学重点学科合作单位、卫生部呼吸内科专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科进修基地。 编制床位47张，现有医护人员31人，其中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师4人，博士2人，硕士10人。专科内设肺功能室、支气管镜室、多导睡眠图室、呼吸重症监护室（RCU）、呼吸病实验室。拥有电子支气管镜、电子胸腔镜、肺功能仪、多导睡眠监测系统、呼吸机等先进医疗设备。 为南京大学医学院硕士生学位授予点，多次组织举办国家级继续医学教育弥漫性间质性肺病诊治进展学习班，获国家自然资金项目2项，省市科技成果奖8项。尤其是在肺间质疾病的基础和临床研究方面，处于国内领先地位.