南京大学医学院附属鼓楼医院风湿免疫科创建于1979年，历经几代人的努力，目前是国家临床重点专科、江苏省科教兴卫重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省风湿免疫疾病诊疗中心、南京风湿免疫病临床医学中心、南京风湿免疫病干细胞治疗中心，2012年建成南京大学风湿免疫疾病研究所。目前学科本部编制床位61张，江北院区61张。2021年门诊量超14万人次，年收治病人超过4400人次，职工102人，博士后9人，其中博士生导师3名，硕士生导师7名；主任医师4名，副主任医师11名，副研究员4名；41人获得博士学位。在复旦大学中国医院最佳专科声誉排行榜中排名第四，2019年攀升至并列第三，2019年度中国医院科技值（STEM）风湿病学与自体免疫病学排名第三。是南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学博士点。科室与美国国立卫生研究院、美国宾夕法尼亚大学、美国南卡医科大学、英国谢菲尔德大学、法国巴黎第七大学、香港大学、欧洲骨髓移植自身免疫病工作委员会建立了实质性合作关系。八十年代学科在国内率先开展了腮腺造影、同位素腮腺扫描、鼻唇粘膜活检等用于干燥综合征的诊断；开发了猪胸腺素用于干燥综合征等多种免疫病治疗，获卫生部甲级成果奖。九十年代，在国内率先开展系统性红斑狼疮造血干细胞移植治疗。近十余年来在国际率先开展异基因（异体）间充质干细胞移植治疗难治性系统性红斑狼疮及多种自身免疫病，狼疮干细胞的临床和基础研究处于国际领先水平。科研成果获国家发明专利3项、国家技术发明二等奖1项、教育部高等学校科技奖二等奖、江苏省科技进步一等奖，中华医学奖二等奖等奖项40多项。获得国家重点研发计划3项，各类国家自然基金项目68项。