南京市儿童医院感染性疾病专科于2006年组建，兼任中西医结合专科，现有副主任医师4名。开设传染病门诊和肠道门诊，病房床位16张，本专科主要采用中西医结合诊治小儿呼吸系统和消化系统感染性疾病，发热原因待查，败血症，传染性单核细胞增多症和EB病毒感染等。有两人担任省、市两级中西医结合儿科专业委员会委员，在省级以上医学学术刊物上发表论文二十余篇。