麻醉科成立于儿童医院外科建立之初，于1997年独立为一级临床科室。拥有一批从事小儿麻醉多年、具有丰富临床经验的麻醉医师及小儿体外循环专业人才，多年来曾培养全国小儿麻醉及体外循环进修医师多名，在各类专业杂志上发表论文30余篇。 科室现有在编麻醉医师16人，其中，副主任医师5人，主治医师8人，住院医师3人。硕士1名，硕士在读2名，本科9人。手术室现有手术间10个（含介入），年手术量7500例，其中小儿心脏直视手术600例。