市一院心胸外科为淮安市第一批临床重点科室，成立于1956年，五十多年来开展大量胸外科、心外科手术，技术力量雄厚、服务质量优良，在全省享有很高的声誉。目前配有病床96张、监护病床16张，拥有主任医师3名、副主任医师8名、主治医师6名、住院医师3名。 该科年手术数量位于全省第一，达1500例以上，包括食道肿瘤、肺部肿瘤、纵隔肿瘤及各种先天性、后天性心脏病等，手术效果良好，八十年代初即开展心内直视手术，2004年与韩国高丽大学合作成立中韩心血管研究所，开展房室间隔缺损修补术、法乐氏四联症根治、心脏瓣膜置换术、冠脉搭桥术、头颈动脉瘤手术等。 该科重视临床研究，近年来有百余篇学术论文在各级杂志上发表，先后有11项科研项目获市政府科技进步奖。