1998年肝脏外科中心正式挂牌成立，陈孝平教授任中心主任。同年，陈孝平教授还组建成立了湖北省肝癌防治研究协作组，并担任组长。1999年同济肝脏外科中心率先在国内开展了肝癌射频消融、冷冻和微波固化治疗，2003年起开展经腹腔镜肝部分切除术。肝脏外科中心现有开放床位94张，附设一间设备齐全的微创治疗室和一间先进的实验室。年门诊量达1.4万人次，年手术量1000余台。至今已施行各类肝脏手术逾万例，成功切除最大肝血管瘤重达10余公斤，最大肝癌重达7.0公斤。2001年陈孝平教授主持并起草了我国第一个“原发性肝癌外科治疗方法的选择”(中华外科杂志，2001，10：762)，并于2004年和2009年分别两次对原方案进行了修订。该选择方案公布后，为我国外科界在治疗原发性肝癌时，提供了选择治疗方法的参考依据，受到了广泛的好评。2010年陈孝平教授又组织全国肝外科学组的专家，对“肝脏解剖和肝切除手术命名以及肝血流阻断方法与选择原则”形成了共识，为我国肝脏外科的发展作出了重要贡献。(中华外科杂志，2010，3：196)2002年以来，陈孝平教授、裘法祖教授和吴在德教授总结了近二十年来的研究成果，即“肝外科手术系列研究和技术改进”和“肝癌合并门静脉癌栓的基础及临床研究”，前者获2002年中华医学科技奖一等奖、2003年国家科技进步二等奖，后者获2005年湖北省政府科技进步一等奖和教育部提名国家科技进步一等奖。陈孝平教授任外科学系主任，同时兼任器官移植研究所所长和肝胆胰外科研究所所长，在肝门部胆管癌胆肠吻合术式、胰十二指肠切除胰肠吻合术式上均有所创新，提高了肝门部胆管癌、胰头癌的手术切除率，减少了并发症发生率，明显改善了相关疾病手术治疗效果，已在全国各大医院得以推广应用。该项成果(肝胆胰外科几种新手术技术的建立和临床应用研究)2009年获高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)科技进步二等奖。2008年，湖北省肝脏外科临床研究中心在同济医院肝脏外科中心挂牌成立，陈孝平教授担任中心主任。2009年陈孝平教授又将其1985年提出的“辅助性部分肝移植”设想应用于临床实践，成功地开展了亲属辅助性部分肝移植术(供体即为“暴走妈妈”)， “暴走妈妈”的事迹全国家喻户晓，包括央视在内的全国各大媒体对此进行了报道(视频)。同时在陈孝平教授的带领下，我院肝移植围手术期死亡率降到了国际最低水平。目前，肝脏外科中心现有医师15人，技术人员2名，其中正高职称7人，副高职称4人，中级职称6人。自1960年即开始招收培养硕士研究生，1978年起开始招收培养博士研究生，2002年起招收培养博士后研究人员。现有博士后导师1人，博士生导师4人，硕士生导师5人。至2009年底已有3名博士后出站，已毕业博士生约50名，硕士生100余名。