儿童病院小儿外科是西北地区首家集医疗、教学、科研为一体的小儿外科专业学科，1979年成为首批国务院小儿外科专业硕士研究生授权点。是中华医学会小儿外科分会常委单位、陕西省小儿外科学会主委单位。在胆囊肿、胰腺囊肿、血管瘤、神经母细胞瘤治疗等方面有独创性，获省部级科技进步奖9项，是全国著名的小儿外科诊疗与专科培训基地之一，在血管瘤与血管畸形、先天性巨结肠、漏斗胸等综合诊疗，达到国际水平。医疗范围辐盖西北及临近省区，部分病种患者来自全国各地(包括香港特区)。开放床位56张，NICU、PICU床位10张。拥有小儿电视胸腔镜、腹腔镜、小儿膀胱镜、全自动电脑控制肠套叠复位仪、艾克刀血管瘤治疗仪等现代医疗设备，可进行食道功能监测、食管下段24小时PH值监测、肛门直肠测压、直结肠组织活检、尿流动力学检测分析。在国内率先开展了经肛门巨结肠根治术、胸腔镜漏斗胸矫治术、神经母细胞瘤外周血微量瘤细胞检测、肝母细胞瘤栓塞化疗加二期手术根治、腹腔镜小儿肝切除、咪喹莫特乳膏外用治疗小儿血管瘤等诊疗方法。胆总管囊肿根治、门脉高压症断流术、肺叶切除，食道裂孔疝、膈疝修补术、肾盂成形、输尿管再植气膀胱手术在国内外颇具影响。尿道下裂修复术及相关技术达国内先进水平。培养博士、硕士研究生40余名，培训进修医生50余名。编写有《小儿血管瘤的诊断和治疗》、《小儿外科学》、《七年制英文外科教材(小儿外科部分)》、《新生儿产伤及先天性畸形的诊治》、《巨结肠根治术》、《小儿腔镜技术》等视听教材。发表论文200余篇，多篇SCI收录。中标国家自然科学基金两项、省市级科研基金8项。参编《现代小儿外科治疗学》、《现代小儿肿瘤学》、《中华小儿外科学》、《小儿泌尿外科手术图谱》、《现代小儿外科泌尿学》、《实用小儿外科学》、《小儿肛肠外科学》、《现代急腹症外科学》等。在西安成功举办了全国首届血管瘤与血管畸形专题研讨会及小儿肛肠组专题研讨会。