儿童保健科是集儿童保健、疾病防治、科研及教学为一体的专业科室，是儿童早期发展示范基地，是中国优生科学学会儿童健康管理示范基地，也是闽西南儿童保健业务指导、培训中心，它承担着全市儿童保健技术指导、培训、督导工作，负责厦门大学医学院儿少卫生与妇幼保健专业的教学工作。曾获得市科学技术进步三等奖一项，世界卫生组织基金资助项目一项，近三年科室共发表SCI及国家级、省级论文数篇。儿童营养与喂养指导专科为中国妇幼保健中心专科建设学科之一。目前拥有主任医师3人、副主任医师2人、主治医师3人、医师4人，其中博士研究生1人，硕士研究生3人。副主任护师2人、主管护师1人、护师2人、保健护士3人。