肝硬化科是上海中医药大学肝病研究所、上海市中医肝病临床医学中心、上海市教委重点学科、国家中医药管理局中医肝病重点研究室及国家教育部中医内科重点学科的临床重要组成部分，是本院A级特色专科。该科临床和科研密切结合，以中医药治疗各种慢性肝病导致的肝纤维化为主攻方向，以中西医结合治疗各种慢性肝炎肝纤维化、肝硬化、脂肪肝为特色，疗效显著。如慢性乙肝肝纤维化6个月的病理组织学逆转率达52-58%；有效地预防肝硬化食管静脉轻度曲张患者的上消化道出血和减轻食管静脉的曲张程度，有效地降低肝硬化食管静脉中重度曲张患者的上消化道累计出血的概率和改善生存率；改善乙肝后肝硬化合并糖代谢异常患者的证候和糖代谢异常以及改善胰岛素抵抗等方面的疗效明显优于常规疗法；脂肪肝3-6个月治疗的总有效率达73.08％。 肝硬化科的临床优势由深入的基础研究作后顿。肝病研究所目前实验室面积约400M2，拥有价值1000多万元人民币的仪器设备，其中一些大型仪器已达到国际先进水平。具备常规开展生化、病理、细胞分离与培养、分子生物学、肝损伤肝纤维化等各种体内、外动物实验模型等肝病实验技术。实验室逐步实行了对外开放，接受全国各地学者或研究生到本实验室工作，并已与中科院上海药物研究所、美国耶鲁大学医学院、布朗大学医学院、加州大学圣地亚哥分校医学院、美国杰斐逊大学、芬兰Kuopio大学、埃及Minia 大学、香港中文大学等境外机构合作开展中医药研究，扩大了中医药的国际影响。与国内2家医药企业开展合作。自2001年底成立以来，业务发展迅速。病床数量由初期10张发展到目前23张，门诊量由无到目前东西两院开设专家门诊和专科门诊，年超1万患者。科室在治疗各种非传染性肝病、特别在中医药防治肝硬化临床和研究方面在国内外享有盛誉，每年有不少患者专程从国外和外地前来就诊。 肝硬化科属于研究型的中西医结合临床科室，临床医生不但从事日常的医疗工作，也承担高级别的科研任务。已经完成的扶正化瘀法治疗肝纤维化和肝硬化的临床研究和扶正化瘀胶囊预防肝硬化上消化道出血课题，获得了令人满意的科研结果。目前承担的国家973课题和上海市科委重大课题的研究目标是要进一步提高肝硬化的临床疗效。 近年来在用扶正化瘀胶囊抗肝纤维化取得较好疗效的基础上，肝二科合用抗病毒疗法治疗慢乙肝肝纤维化和肝硬化，逆转肝纤维化和肝硬化的疗效更为显著。科室还着力于提高肝硬化并发症的临床疗效的研究。先后在降低肝硬化患者门静脉高压预防上消化道出血和再出血、纠正肝硬化合并糖代谢异常（包括糖尿病）方面取得突出成绩。科室开发了脐部敷贴腹水外治法并添置了腹水超滤浓缩回输系统，增加了治疗顽固性腹水的手段并提高了疗效；添置了电脑生物信息肝病治疗仪，加快了病变肝脏的修复。 在大力发展业务的同时，科室吸引了各级别人才前来深造。承担了每年30多名博士后、博士研究生、硕士研究生、本科生和大专生的培养任务，也接受了来自全国各地的进修医生。