实验医学科临床微生物实验室始建于20世纪50年代，前身为华西医科大学附属第一医院检验科细菌室。1988年开设华西医科大学检验医学临床微生物学课程。随着本校检验医学毕业生走向全国并得到北京协和医院等同道的认可，本学科与其他学科同步发展，进而培养了三位硕士研究生，人才梯队得以建立。2002年成为检验医学系中一门学科，2003年临床二级学科的临床检验诊断学成为博士研究生培养点，作为其中三级学科的临床微生物学成为正式的博士研究生培养学科，迎来了前所未有的机遇与挑战，正逐步成为集自动化、网络化、医、教、研一体的综合性实验室。