外科是全省中西医结合治疗外科疾病诊疗中心，安徽省高校中西医结合临床重点学科，国家教育部中医外科学硕士点授予单位，安徽中医学院中医外科学及中西医结合外科学教学及科研基地，在医疗、教学、科研诸方面成绩显著。该科以中西医结合为基础，不仅充分发挥中医药治疗特色，而且采取先进的现代诊疗技术进行专科疾病的诊治。该科技术力量雄厚，有高级技术职称专家6人，硕士研究生３人，硕士研究生导师1人。既有较强的现代外科实力，又有突出的中医中药治疗外科疾病优势。该科长期致力于学术人才的培养，在各个外科领域均有知名专家把关，目前熟练开展各种复杂和难度较大的外科手术，包括胃、结肠和直肠根治性切除手术，肝脏切除手术，胆道切开取石手术、引流手术，甲状腺手术，脾切除手术，各种微创手术如腹腔镜胆囊切除术等。同时，该科还利用医院优势和学科优势，把中医中药和现代外科手术结合起来，既减少了外科手术创伤和并发症的发生，又提高了手术疗效，使该科对外科疾病治疗达到了极高层次。长久以来，该科十分注重专科专病建设，发挥祖国传统医药优势，善于运用中医中药解决外科疑难问题。在治疗消化道肿瘤、各种复杂性的肠梗阻、肝内外胆管结石、急性坏死性胰腺炎、毒蛇咬伤等方面，该科发挥中医中药优势，使这些疾病治愈率达到全国先进水平。并申请和完成了国家自然科学基金、国家中医药管理局、安徽省科技厅、教育厅等多项科研项目。