针灸科始建于1956年，现拥有医师6人，其中副主任中医师3人、主治中医师2人。2名医师分别在北京、南京等地著名医院专业进修半年。针灸科诊室120平方米，治疗床16张，简易牵引床2张，电脑牵引床1张，配备TDP神灯、针灸治疗仪等，并设针灸病房床位4张。日门诊量保持在50号左右，接诊外国友人，其中包括澳大利亚前总理霍克等。该科对各种骨关节、软组织疼痛、颈、腰椎增生、腰椎间盘突出症、中风后遗症、神经性面瘫运用针灸、推拿、牵引等自然疗法治疗，效果显著。承担南通大学医学院本科针灸理论教学工作。近年来在省级以上杂志上共发表论文数十篇。参与《实用针灸推拿学》的编写工作。