胃肠外科于2003年按照中华医学会分科建设要求，在原普通外科基础上组建而成，技术力量雄厚，人才配备合理，现有教授/主任医师2人，副教授/副主任医师5人，讲师/主治医师2人，住院医师3人；其中硕士研究生导师2人，博士/博士后3人，硕士3人。科室主任雷建教授现任外科副主任、中华医学科技奖评委、中华医学会广东省胃肠外科学会副主委、中国抗癌协会广东省大肠癌专业委员会副主委、中华医学会广州市普外学会副主委，同时担任《中国老年学会杂志》、《岭南现代临床外科》、《消化肿瘤杂志》等科技核心期刊的常委编委。目前，胃肠外科拥有独立病区，病床44张，近3年以来，年收治病人超过1500人次；多项重点医疗技术达到国内先进水平，其中胃癌、结直肠癌的规范治疗（包括胃癌、结直肠癌的术前多学科综合治疗、新辅助化疗、腹腔镜根治手术、术后辅助治疗等）、胃肠间质瘤规范化综合治疗、经肛内镜结直肠切除或取出标本、糖尿病手术治疗及减重手术等位居国内前列。