病因研究室于1978年建立。早期主要从事胃癌病因化学病因和生物病因研究，首先证明人胃内能够化学合成N-亚硝酰胺MNU，继而发现富硒大蒜能够清除包括难治性幽门螺杆菌感染在内的胃内致癌物。目前主要研究肿瘤相关基因异常甲基化等表观遗传失活的启动和维持及其在肿瘤发生发展中的作用。在Nucl Acids Res、Carcinogenesis、Clinl Cancer Res、Lab Invest、BMC Cancer、Cancer Sci、J Clin Endocr Metab和Mut Res等国际知名的学术刊物上发表学术论文；获得发明专利授权3项，新申报发明专利2项，获6项成果奖；培养毕业硕士学位/博士学位研究生19名。现有正式工作人员5名，其中研究员1人，助理研究员2人，技术人员2人，在读博士或硕博连读研究生9人。正在承担国家973项目课题和863计划课题，国家自然科学基金面上项目、重大科技计划探索项目和A3前瞻计划重大国际合作研究项目等多项研究课题。研究方向p16等肿瘤相关基因异常甲基化的形成和维持机制，在癌变过程中的作用和临床应用价值及基因特异性转录活化治疗研究，具体包括下列内容。一、CpG甲基化和羟甲基化测定平台：依托我们既往在化学致癌物色谱和质谱分析方面的经验，根据化学修饰可造成甲基化状态不同的CpG岛变性温度不同的原理，我们发明了变性高效液相色谱法(DHPLC)快速定性和定量测定各种CpG岛甲基化的专利技术，建立了从高通量的甲基化组学到各种单基因甲基化定性和定量分析的完备体系。目前又首先发明了区分DNA甲基化和羟甲基化的化学修饰技术，正在开展DNA羟甲基化的功能和用途研究。二、肿瘤的DNA甲基化分子分型：DNA甲基化紊乱是肿瘤的基本特征，p16甲基化是肿瘤组织中最常见的肿瘤抑制基因表观遗传失活现象，我们以其为代表开展了一系列的应用基础研究，发现p16基因甲基化可用于早期识别癌前病变的恶变潜能，获得国际发明专利授权，并且开始了p16基因CpG岛甲基化检测试剂盒的开发研究。目前已完成了多平台的胃癌转移相关的DNA甲基化组学分析，正在系统地开展胃癌转移的DNA甲基化分子分型研究。三、CpG岛甲基化形成和扩展规律：为了探索p16表观遗传失活机制，我们对Polycomb家族转录因子、非编码RNA、核小体分布与该基因甲基化形成的关系开展了系列研究。取得了下列发现：CBX7可直接控制p16启动子H3K9三甲基化;发现了p16启动子反义转录本p16AS，并且证明其有顺式上调p16转录作用；发现p16甲基化呈现以核小体为甲基化基本单元，从第一外显子3端脉冲式地向启动子区扩展的规律；提出了没有核小体的区域就没有DNA甲基化的假说。目前正在围绕这些因素的任何相互影响，以揭示导致p16基因表观遗传失活的分子通路。