北京儿童医院胸外科建于1972年，是全国建立最早的小儿胸外科专业，在老一辈医生的领导下，经过多年的不懈努力，使本专业的学术水平在国内小儿胸外科处于领先地位。三十二年来先后完成各种胸外科手术6000余例，发表论文数十篇，获得科研成果奖一项，参与编写了《小儿外科学》《小儿创伤学》等多部外科学专著。为全国小儿外科培养了十余名胸外科医生。现每年施行胸外科手术300余例。北京儿童医院胸外科是国内收治小儿胸外科病人数量最多，病种最多，技术水平先进，治疗效果最好的专业之一。对小儿胸外科各种疾病，特别是对复杂的肺部疾病、食管、气管疾病、纵隔肿瘤的诊断综合治疗积累了丰富的临床经验。尤其对各类复杂的及有合并症的胸壁畸形的治疗，包括翻转法、不同类型的抬举法以及目前最新的治疗漏斗胸的Nuss手术，使合并马凡氏综合征的胸壁畸形、Poland综合征等取得了良好的治疗效果。从1998年起开展了小儿胸腔镜手术，用胸腔镜诊断治疗小儿胸部疾病取得了良好的效果。五年来不断扩大胸腔镜在小儿胸外科领域的应用，包括肺囊性病、纵隔肿瘤切除、脓胸、乳糜胸、漏斗胸、贲门失驰症、膈疝以及心包开窗等手术。目前已有30-40%的胸腔手术用胸腔镜微创手术替代。科内有正主任医师一名，副主任医师两名，住院医师一名。北京儿童医院具有设置齐全的临床科室，并具有较强的医疗、科研及教学能力，整体综合水平高，有专门的监护室和ICU支持为开展复杂的胸外科手术创立了良好基础。