北京儿童医院新生儿内科成立于1972年，新生儿重症监护病房（NICU）成立于1990年。2008年新生儿内科与NICU合并整合后正式成立了新生儿中心。2017年医院将新生儿外科纳入了新生儿中心，形成了目前由新生儿内科病房、NICU和新生儿外科病房三部分组成的新生儿中心。目前新生儿中心的新生儿内科与NICU共拥有床位110张，医生44名（其中中正主任医师10名，副主任医师11名，主治医师9名，医师14名），护士69名（其中副主任护师2名，主管护师12名，护师55名）。目前7人具有博士学位，25人具有硕士学位，有博士导师1名，硕士生导师2名。新生儿内科病房每年救治新生儿患者近3000例，抢救成功率达99%，率先在国内开展了新生儿溶血病的交换输血术，换血成功率 100%，在治疗新生儿溶血症伴重度高胆红素血症方面取得良好效果。NICU每年救治危重新生儿约1500例，抢救成功率达99%，在呼吸机应用、气道管理、胃肠外营养、新生儿腹膜透析、严重先天畸形的围手术期管理方面具有丰富的经验，大大提高了各类先天畸形（特别是先天性心脏病/先天消化系统畸形）患儿的救治成功率，全方位提高了新生儿危重病人尤其是极低出生体重儿的监护、抢救水平。配有最先进的长颈鹿暖箱39台，飞利浦心电监护仪72台（其中44台为中心监护仪），全套进口的有创呼吸机20台（其中高频振荡呼吸机4台，常频呼吸机16台）、无创呼吸机23台（其中双水平CPAP 2台，NCPAP 21台），并配有雷度微量血血气分析仪3台、床旁头部彩色超声诊断仪和床旁心脏超声诊断仪各1台、床旁X线仪2台，进口视频脑电图仪和床边振幅整合脑电图仪各1台，耳声发射和脑干测听听力检测仪2台，为成功抢救患儿生命提供了保障。2012年开始，新生儿中心成为北京市新生儿急救转运救治中心，与北京市120合作开展了危重新生儿院前主动转运工作，配备了全套进口的新生儿转运暖箱、移动式呼吸机、移动式心电血氧监护仪、移动式静脉输液泵等，由新生儿专科医生护士组成专业的新生儿转运团队，目前主动转运的危重新生儿中，需要气管插管高级生命支持的比例超过了75%，转运成功率达100%。科室技术力量雄厚，并拥有高素质的护理队伍，常规开展深静脉置管、PICC置管、脐静脉置管、外周动静脉穿刺、鸟巢护理、新生儿抚触等技术。新生儿中心承担着首都医科大学儿科系授课、见习、实习，首都医科大学留学生见习、实习，北京市儿科住院医师规范化培训，进修医师培训等教学任务。参与编辑多部专业书籍，包括《实用儿科学》、《北京儿童医院 临床疑难病例荟萃》、《儿科医生效率手册》、《儿科诊疗常规》、《临床病例会诊与点评—儿科分册》、《尼尔森儿科学精要》等。科室尤其注重年轻医生（例如研究生、进修医生、住培生）的培养，不仅各病房设定了专门的上级医生负责年轻医生、的床旁教学，而且每周定期开展业务学习、学术小讲座、英语文献学习等活动，确保对年轻医生的培养质量。