眼科是同仁医院的重点学科。同仁眼科的历史可以追溯到清朝末年的光绪年间。当时的北京乃至中国北方，尚没有西医眼科。一位被称为“蓝大夫”的美国医生，受基督教美以美会的派遣，在北京建立了一家眼科诊所。经过一个多世纪的发展，成为今天的同仁医院。百年积累，春华秋实，几代眼科医护人员以精湛的医术和良好的信誉打造了同仁眼科长盛不衰的金色品牌。同仁医院为适应入世和医疗卫生体制改革的形势，重组建的同仁眼科中心，设立眼科临床部、眼科研究所、防盲指导办公室(WHO防盲合作中心)、眼库(国际眼库协会会员)和视光学系;是国家教育部中国高等学校重点学科和北京市重点实验室。临床部下设白内障、青光眼、眼底病、角膜病、眼外伤整形、眼肌斜弱视、眼眶病眼肿瘤、眼中医和眼屈光等9个专业及4个分支;研究所下设基础部、应用基础部、行政部和防盲研究室以及眼科分子生物、眼科遗传病、眼科细胞生物学与细胞移植、眼科药理、眼科病理等6个专业实验室。中心专业齐全、临床技术突出、仪器设备先进、具有较高的学术水平，在眼底病、难治性青光眼、复合性眼外伤、角膜移植、准分子激光角膜屈光矫正手术、白内障人工晶体植入、激光诊疗、防盲指导、低视力研究等方面居国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。中心承担着多项国家继续教育项目。此外，中心还将依靠眼科的先进技术，凭借同仁医院的综合实力，与相关学科合作发展边缘学科、交叉学科，在神经眼科学、创伤眼科与眼外伤以及鼻眼相关疾病、颌面外科与眼科等领域形成特色。中心现有员工260人，其中正副高级职称专业技术人员61人、具有博士学历人员19人、硕士学历人员24人;博士生导师1人、硕士生导师14人;在读博士研究生3人、硕士研究生20人;中心承担本科生、进修生等不同层次人员的教学、培训工作，每年接受来自全国各地的进修医生百余名。开放病床186张，年门、急诊量可达30万人次以上，年手术量2.5万例至3万例。北京同仁眼科中心将以WHO防盲合作中心、全国防盲指导办公室为依托，加快防盲治盲工作力度，继续在北京城郊社区扩大眼病筛查，形成“有病早治、无病预防”的专科医疗会诊网，使北京市居民的眼病防治水平在2008年达到发达国家的水平。耳鼻咽喉头颈外科是北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，现已成为国家重点学科、国家生命科学与技术人才培养基地。2002年，耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心。耳鼻咽喉头颈外科下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科，设床位263张，年门急诊量20余万人次，年出院量7000余人次，年手术量9000余例次。科所结合成立了人工听觉技术中心、听觉前庭生理中心、新生儿听力康复中心、变应性鼻炎诊疗中心、肿瘤生物学实验室、临床解剖学实验室、药物研发部、睡眠医学中心、嗓音医学中心等多个诊疗平台。中心现有主任医师21名，副主任医师16名，研究员2名，副研究员4名;博士生导师7人，硕士生导师13人。