北京儿童医院呼吸专业于1978年在江载芳教授带领下成立, 在儿科呼吸疾病疑难重症诊治方面居国内领先地位。科室1991年在国内儿科最早开展支气管镜介入诊疗;诊断了北京儿童医院首例肺泡微石症(相关论文发表在新英格兰医学杂志)、肺泡蛋白沉积症、变应性肺曲霉病、囊性纤维化和闭塞性细支气管炎、血管环畸形;2011年获批成为卫生部“国家临床重点专科”;2013年获批科技部、国家卫生计生委、总后勤部卫生部“国家呼吸系统疾病临床医学研究中心”，是全国唯一获批的儿科专科医院。江载芳教授曾任国际儿科学会的执委和常委、亚洲儿科学会常委、美国儿科学会荣誉会员。科室目前学科带头人为国家呼吸系统疾病临床医学研究中心主任，中华医学会儿科学分会主任委员申昆玲教授。在学科带头人领导下，由各亚专科学科骨干作为负责人成立亚专科发展人才梯队，专业医护人员40余人，其中医师14人，护士22人。呼吸科设有专家专业门诊，平均年门诊量20000余人次。病房现有开放床位40张，另有8张支气管镜观察床，并具备完善的急救条件。月均入院人数达200余人。以成为全国小儿呼吸系统重症和疑难疾病诊治示范基地及呼吸专科人才培养基地为目标，呼吸科确立的专科业务发展方向包括：①呼吸道感染性疾病诊治及其病原学研究;②睡眠呼吸障碍诊治及其发病机制研究;③支气管哮喘和喘息性疾病诊治及基础研究;④儿童支气管镜应用技术研究;⑤呼吸系统疑难少见病诊治及其发病机制研究。继率先在国内儿科开展支气管镜介入诊疗后，2001年，呼吸科成立了儿童哮喘中心，同年在国内最早建立了规模最大的儿童睡眠中心，采用与国际接轨的多导睡眠监测技术已完成了7000余例多导睡眠监测。初步明确了闭塞性细支气管炎的临床诊断和治疗方法，开展间质性肺疾病研究长达14年、儿童原发性纤毛运动障碍的研究近20年。2013年2月，科室开始与美国哈佛大学医学院附属麻省总医院儿童医院进行远程病例讨论。呼吸科集“医教研”为一体，具备较完善的呼吸专业教学体系，常年负责本科生、研究生、社会化培训、进修人员的教学、培训和科研任务。每年派多人参加全国、国际学术会议及学习班，并安排人员出国学习深造。与医院北京市儿科研究所、省部共建重点实验室合作共同完成了“十一五”、“十二五”国家科技支撑计划，并于近五年获批重大专项等科研立项共10余项。