咽喉科为国内最大的咽喉疾病诊治中心之一，在咽喉疾病治疗方面处于国内领先水平。咽喉科主任吴海涛，现有特聘长江学者讲座教授、国家杰出青年1人，教授/主任医师9人；博士生导师4人，硕士生导师4人，副主任医师1人。 咽喉科下设咽喉嗓音、鼾症、咽喉肿瘤三个专科，拥有床位50张，配备国际一流嗓音评估设备，拥有硬管喉镜、纤维喉镜、频闪喉镜、窄带成像和高速摄影等检查设备，拥有CO2激光、纤维CO2激光、KTP激光、钬激光等大量先进手术设备。传统的咽喉疾病治疗特色有复杂咽喉、食道异物和气道异物取出术，喉气管狭窄治疗等，其中复杂气道异物治疗处于国内先进水平。咽喉嗓音专科广泛开展嗓音疾病的行为学治疗和手术治疗。嗓音疾病的行为学治疗包括功能性失声，男声女调、肌紧张性发声障碍、发声疲劳等。嗓音疾病的手术治疗：包括声带良恶性病变（声带息肉、白斑、乳头瘤、囊肿、声带沟和早期喉癌等）的显微喉镜下手术治疗；声带粘连的预防和治疗，声带麻痹的声带注射、声门扩大和甲状软骨成型等手术治疗。鼾症专科采用多导睡眠监测系统、内镜、CT等对阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS，俗称鼾症）进行综合评估，对OSAHS进行序贯治疗：包括生活习惯健康指导，口腔矫治疗器治疗，鼻正压呼吸通气（呼吸机）治疗，及不同阻塞平面的相关手术治疗。咽喉肿瘤治疗也处于国内领先水平，包括复发乳头状瘤的手术治疗，早期喉癌的激光治疗，喉癌、喉咽癌保留喉功能手术及术后缺损修复，全喉切除术后Ⅰ期和Ⅱ期手术发音重建等，均在国内具有较高影响力。