神经外科由国内著名神经外科先驱蔡宝贤教授始创于上世纪60年代。历经陈道莅教授、朱晓江教授，以及现任主任楼美清教授四代传承和发展，已成为集医疗、教学、科研于一体的现代化研究型学科，现为上海交通大学博士学位授予点。神经外科分南、北两部，开放床位近100张,重症监护床位22张，神经外科人员31名，上海交大和南京医科大学博导3名,硕导2名,配备有高端显微镜（3台)、神经内镜系统（2套)、神经导航系统(红外导航、电磁导航)，以及超声刀超声吸引(2台)、神经电生理监护系统等国际一流的现代化手术设备。以垂体瘤、听神经瘤等颅底疾病微创诊疗、重症颅脑创伤救治、帕金森等功能疾病为诊疗特色。神经外科与国际神经外科接轨，形成以显微镜、内镜、导航、介入及分子诊断等新技术相结合的研究型微创神经外科特色。科室的特色诊疗疾病有导航辅助内镜下垂体瘤微创手术、听神经瘤等颅底肿瘤的微创治疗,胶质瘤的个体化诊疗;帕金森的DBS等功能神经外科疾病;脊柱退行性疾病(腰腿痛、颈肩痛)，枕颈部畸形( chiari's畸形)、椎管肿瘤等微创治疗;动脉瘤等脑血管病介入治疗、难治性动脉瘤颅内外搭桥手术，烟雾病的颅内外融通术。重型颅脑损伤的救治等颅脑重症疾病的综合治疗。