心外科成立于1978年，是福建省最早开展体外循环心内直视手术的科室。迄今共完成体外循环心内直视手术近8000例；2002年共完成体外循环手术610 例（病人最小年龄45天，最大年龄85岁），居福建省首位，代表我省心血管外科最高水平，在全国名列前茅。科室现拥有床位65张，设有ICU，高压氧舱，心外科研究室，有高级职称医师10人，主治医师8人，医学博士2人，在读博士2人，医学硕士11人。