北京藏医院康复治疗中心涵盖了北京藏医院的三大重点建设科室，即心脑血管专科、胃肠专科、风湿专科。医院在心脑血管、胃肠、风湿、类风湿疾病的治疗中，积极发挥民族医药特色，以口服藏药为主，辩证施治，先后开展了藏药浴、藏医推拿正骨、庵敷、藏药膳滋补等特色疗法，辅以当今国际先进的诊断、检查及治疗设备，对脑出血、脑梗塞等脑血管疾病后遗症、老年痴呆症、冠心病、高血压、胃肠及风湿、类风湿疾病均有显著疗效。