职业病防治科其前身为乌鲁木齐铁路局中心卫生防疫站职防科，1990年6月正式成立，1991年由铁道部卫生环保司专家论证，被列为铁道部重点专科。职业病防治科2002年1月整体划归新疆医科大学第五附属医院，现设立职业病专科门诊，拥有病床20张的临床专科。医务人员10人，其中副主任医师2人，主治医师3人，主管护师5人，均具有10年以上比较丰富的职业病专科临床经验，较高的职业病诊治水平。职业病防治科为自治区极少的一家临床专科，面对广大各种急慢性职业中毒患者和各种尘肺患者，科内拥有比较先进的心电监护仪、肺功能仪等医疗设备。2004年经自治区卫生厅验收审核，批准为自治区首批职业病诊断机构。依托新疆医科大学坚实的临床、人才、设备资源，必将取得更大的发展。