是省级重点中医专科。科室现有床位45张，配有偏瘫康复活动室及神经内科门诊（5、7诊室），脑系专家门诊每日应诊。医院配备了进口的螺旋,经颅多普勒脑血流，血液流变学检测仪，微循环检测仪，脑电图仪，脑地形图仪，偏瘫康复室配备了多种锻炼器材等。该科室是建院以来最早成立的科室，历经四十余年的努力，经历了几代人的经验积累，以擅长治疗脑血管病在本市及省内享有盛誉。如今在学科带头人、市名中医吕士君主任中医师以及周贵福主任医师的带领下，科室技术人员已形成老、中、青专业梯队结构（正主任医师3人、副主任医师3人、主治医师4人、住院医师4人，研究生5人、本科生5人，大专生2人），具有较强的医、教、研能力。目前科室全面开展了中西医结合治疗脑血管病一条龙服务，急性期的中西医综合治疗、恢复期、后遗症期的针灸、康复、理疗、按摩、外敷药物等，突出了中医特色，充分发挥了中医药优势，大大提高了脑血管病治疗的有效率，降低了死亡率、致残率，同时方便了病人的治疗。脑系科坚持以中医中药为主，结合现代医学的诊疗技术，采取多学科交叉渗透的方法，辩证论治，辩证用药，进行了规范化、标准化、系列化的研究，形成了较为固定的治疗方案，研制了系列制剂，并取得了多项科研成果。《中医中药治疗缺血性中风急性期临床观察》获省科委科技成果三等奖，《中医中药治疗高血脂症的临床观察》获市科技成果进步三等奖，《口僻贴穴位贴敷治疗周围性面神经麻痹》的临床研究获市科技成果三等奖。《神明1号对脑出血急性期大脑神经元保护作用的临床观察》获中医药管理局二等奖。科室现在实行了计算机网络管理，价目公开、合理检查、合理用药、微机可随时查询各项收费，使患者每一分钱的消费都明白放心。门诊、病区设有医生情况介绍栏，将医生的照片、职称、技术专长等相关资料公开，病人可自由选择医生，若不满意患者可另选医生。