消化科由我国著名的消化病学专家巫协宁教授始创于1985年，经过半个世纪几代消化科医生的艰苦努力，学科发展进入新的历史阶段。消化科为国家卫生部消化内镜培训基地、上海市胰腺疾病重点实验室、上海交通大学医学院胰腺疾病研究所、上海交通大学硕士、博士学位授予点和博士后流动站，卫生部消化内镜培训中心、卫生部住院医师和消化专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、上海交通大学炎症性肠病诊治中心所在单位，也是中华医学会消化病学分会常务委员、中华消化病学会胰腺疾病专业学组组长、中华医学会肝病学分会副主任委员、上海市医师协会消化分会会长和上海市肝病学会主任委员所在单位。目前消化科共有医师47人，其中博士学历36人，硕士学历8人。正高职称9人，副高职称13人。博士生导师5名，硕士生导师10名。科室核定床位共123张。科室目前分设胃肠疾病、胆胰疾病、肝病以及消化内镜诊治等亚专业，设有门诊(消化专科门诊、专家门诊、特需门诊、脂肪肝门诊、胃食管反流门诊、胆胰门诊、便秘门诊和炎症性肠病门诊》、内镜中心、HP室、消化疾病研究室等特色专科医疗。消化科目前分设胃肠疾病、胆胰疾病、肝病以及消化内镜诊治等亚专业，拥有先进的诊疗及科研设备，能开展各项专科项目并形成如下医疗特色。1.胰腺疾病诊治，特别是重症铐腺炎综合治疗、慢性胰腺炎内镜治疗、胰腺癌早期诊断以及胰腺癌非手术治疗均居国内领先。2.消化系疾病介入治疗肝癌、胰腺癌、胆管癌、食管癌等消化系肿钟瘤，但胰管、食管和胃肠狭窄及胆道、胰营结石。3焱症性肠病的中西医结合治疗。4.慢性乙型和丙型病毒性肝炎抗病毒治疗、肝纤维化和脂肪性肝病早期诊断与治疗、自身免疫性肝病诊治、肝硬化及其并发症的诊治。这些医疗特色和方向均为国内先进水平，吸引了大量本地和外地患者。消化内镜中心在常规胃肠镜基础上继续发展ERCP、超声内镜（EUS)、内镜下大块粘膜剥离切除术(ESD)、小肠镜、胶囊内镜等技术项目。开展国内领先新技术项目——“超声胃镜下经胃胰腺脓肿穿刺引流术”，“POEM”、“MUSE”及胆道碎石等先进技术。2020年全科出院患者总人数5590人(北部290人，南部2600人)，门诊总人数237330人次(北部104056人，南部133274人次)，内镜诊断和治疗总人数7509例次(北部34710%次，南部42799例次），这些指标均据上海前三位。科室承担国家科技部“863'、“973'、十一五”、“十二五”和“十三五”重大专项、教育部新世纪优秀人才支持计划、卫生部重大科研项目及国家自然科学基金等国家级课题6O余项，获得国家科技进步成果奖二等奖1项，上海市科技进步一等奖1项、三等奖6项、教育部科技成果二等奖3项、上海医学科技奖二等奖2项、中华医学科技奖三等奖2项等。