研究所目前具备小型、中型和大型研究设备50余台。口腔实验病理分析方面，具有图象分析仪，牙体硬组织切片机，软X射线机，万能显微镜，偏光显微镜等；在细胞研究方面，有二氧化碳孵箱，高速离心机，超低温冰箱，倒置显微镜等；蛋白和基因研究方面，有各种 PCR 仪，电泳仪及图象分析仪等；细菌研究方面，有新型厌氧手套箱，克隆计数仪，实体扩瞳显微镜等。研究所现有研究机构：基因治疗分子生物学实验室；组织和细胞培养实验室；生物化学实验室；口腔生物材料室；组织病理实验室；免疫室；细菌培养室；细菌检测室；图像分析室；生理学实验室；软 X 射线室和口腔医史研究室等。