消化系统疾病在儿童常见病、多发病中占有很大的比例。因为小儿正处于生长发育阶段，必须满足营养需要才能健康成长。消化器官任务繁重，而其本身发育尚未完善，容易发生机能失调而致病。消化科设有病房、专科门诊、胃镜室和胃肠动力室，引进日本细径胃镜和瑞典高分辩多通道胃肠动力检测系统，设备先进。重点收治和研究儿童急慢性胃炎、消化性溃疡病、胃食管反流、上消化道出血、腹泻病、水电及酸碱平衡紊乱、营养不良及静脉高营养等。尤其对儿童幽门螺杆菌感染及相关性疾病的研究和诊断治疗、急诊胃镜检查、24小时食管PH动态监测、胃电图检查等达国内先进水平。