中医肛肠痔瘘科始建于1956年，为云南省中医肛肠病医疗培训中心、省级、市级重点中医专科。为我省肛肠专业龙头科室，在全国肛肠界具有一定影响。目前有肛肠外科、肛肠内科、痔瘘专科三个专业组。开展大肠、直肠、肛门疾病有诊治工作，并突出中医特色，具有自己专科的一系列制剂。肛肠痔瘘科将祖国传统医学与现代医学相结合，改进了高低位复杂性肛瘘、环状混合痔的术式，大大提高了疗效，缩短了疗程。局部长效止痛剂、消痔止痛栓、元胡止痛片等制剂应用于临床，基本解决了患者术后的疼痛问题。采用中医传统注射疗法，治疗各期内痔混合痔及各期直肠脱垂，收到了显著疗效，避免了患者的开刀之苦。开展了肠穿孔并腹膜炎、下消化道急性大出血、肠套叠、肠梗阻等外科危急重症的手术治疗。同时积极引进国外最新技术，开展了出口梗阻的手术治疗、直肠癌、会阴造肛、臀大肌移植等手术，形成了既能以中医理论辨证论治疗肛肠疾病，又能手术开腹除疾的专科特色。